હિંદૂ ધર્મ અનુસાર ખાટૂ શ્યામજી કળીયુગમાં કૃષ્ણના અવતારમાં પુજવામાં આવે છે.
કે કળયુગમાં તેમનું નામ શ્યામથી પુજવામાં આવશે
બળિયાદેવના હા કહેવા પર જ્યારે શ્રી કૃષ્ણએ તેમની પાસે શીશ માગ્યું તો તેઓ ગભરાઈ ગયા.
તેમણે શ્રી કૃષ્ણને પોતાના વાસ્તવિક રૂપના દર્શન આપવાની પ્રાર્થના કરી.
યુદ્ધ પ્રારંભ થતા પહેલા સર્વશ્રેષ્ઠ ક્ષત્રિય શીસની આહુતિ આપવી પડે છે.
તેમના શીશને યુદ્ધભુમીની પાસે એક પહાડ પર સ્થાપિત કરવામાં આવ્યું. જ્યાંથી તે સંપુર્ણ યુદ્ધ જોઈ શકે.
શ્રી કૃષ્ણજી બળિયાદેવના આ વરદાનથી એટલા ખુશ થયા કે તેમણે તેમને કહ્યું કે કળયુગમાં તમે શ્યામ નામથી ઓળખાશો.
બળિયાદેવનું શીશ રાજસ્થાનના સીકર જિલ્લાની પાસે ખાટૂ નગરમાં દફનાવવામાં આવ્યું હતું માટે તેમને ખાટૂ શ્યામ બાબા કહેવામાં આવે છે.
ખોદકામ કર્યા બાદ ખાટૂજી શીશ ત્યાં પ્રગટ થયું. ખાટૂ નગરના રાજાને મંદિર નિર્માણ અને શીશ ત્યાં સ્થાપિત કરવાનું સપનું આવ્યું હતું. આ રીતે આ મંદિરનું નિર્માણ થયું હતું.